Su historia nace de la idea de crear una nueva cofradía, el domingo día 18 de Abril de 1660, donde 78 devotos, en su mayor parte, gente de la mar, muchos de ellos pertenecientes a la Armada y otros a la Casa de Contratación con las Indias, deciden solicitar la creación de la nueva Cofradía, estando a la cabeza de ellos Juan de Texada Carreño, Jerónimo Araujo, Simon de la Sierra Fonseca y Juan de Ochoa. Siendo solo 5 días después el 23 de abril en la localidad de Medina Sidonea, aprobados los Estatutos por decreto por el Ilmo. Obispo de Cádiz, D. Fernando de Quesada.

Se funda en el convento del Carmen, rindiendo culto a una Virgen de esa iglesia. La imagen del Señor se realiza gracias a la entrega de una viga del templo carmelitano a Miguel Láinez Capote.

Tras una crisis a finales de los años 40, un grupo de estudiantes universitarios retoma el pulso y relanza la hermandad. La misma se establece en el Colegio Mayor Beato Diego, realizando obras para convertir en capilla el garaje del mencionado centro.

Los datos sobre la fundación de esta hermandad no están claros y aunque los historiadores la sitúan en 1590, los primeros apuntes de su existencia son de 1721.

Sufrió un serio revés al perder debido a un temporal de lluvia el único paso que entonces tenía la cofradía, que se hundió en la bóveda en el que se guardaba. En la siguiente Semana Santa (1990) sólo procesionó el crucificado y lo hizo sobre el paso del Cristo de la Buena Muerte. A partir de entonces se produce un espectacular proceso de expansión que le permite estrenar un paso para la Virgen de las Lágrimas en 1997.

El 19 de junio de 1946 es autorizada la Junta Pro-Cultos, que poco tiempo después se constituye en Cofradía por Decreto del Obispo Tomás Gutiérrez Díez. La idea de su fundación era que la Cofradía recogiera en su seno a distintos estamentos del gremio sanitario, de ahí que sea conocida como la Sanidad.

Al haber desaparecido en el saqueo inglés de 1596 los documentos de cofradía, no es posible saber con precisión la fecha de fundación de esta cofradía. Pero por las escrituras de adquisición de los terrenos para su capilla propia en la iglesia de San Francisco, así como de la capilla del Sagrario contigua, podemos asegurar sin ningún género de dudas que existía en 1566, año en el que se instala en Cádiz la comunidad franciscana.