Las Congregaciones Marianas de la Compañía de Jesús se fundan en Cádiz en el siglo XVII, sin carácter procesional sino para realizar actividades catequéticas, practicar la caridad y realizar la adoración nocturna. En 1950, el director espiritual de las Congregaciones, el padre Augusto Muriel, padre jesuita, propone crear una sección de penitencia con el fin de dar culto público a María Santísima en su Soledad, que se consigue en 1953.

El 1 de diciembre de 1894, bajo la presidencia del sacerdote diocesano Cándido Picamill, asignado a la iglesia de San Agustín, un grupo devoto de diecinueve hermanos funda la Cofradía de la Buena Muerte para dar culto a la imagen del Santísimo Cristo que existía en dicho templo. El 15 de diciembre es nombrado hermano mayor Cayetano del Toro, alcalde de Cádiz.

La devoción de un niño, llamado Miguel de Omaña, hizo que sus padres encargaran un paso de misterio que daría nombre a esta hermandad. Fue tanto el paso del pueblo para verlo que tuvo que ser trasladado a la iglesia de Candelaria. A partir de este suceso se erige en cofradía hacia 1668, llegando a tener capilla propia. La doble tarea del culto y caridad de la cofradía continuaba con altibajos en el siglo XVIII.

En el año 1926, doña María Teresa de la Cruz Gurri, a instancia del párroco de San Lorenzo, José Malvares, que conocía de la devoción y fervor que profesaba a la imagen desde el año 1922 por favores recibidos del cielo por su intersección, le pidió cuidar del Santísimo Cristo y ser su camarista, una vez instalado en el nuevo emplazamiento en el retablo de la izquierda del crucero. “Aquí empezó mi trabajo por el Cristo”, decía doña Teresa.

La hermandad se funda en 1944 por iniciativa del entonces gobernador civil de Cádiz, Ricardo Zamora García. Procesionaba con el misterio que hoy se conserva en la Capilla Baja del Oratorio de la Santa Cueva, saliendo del templo de San Francisco a las doce del mediodía del Viernes Santo y recogiéndose a las tres de la tarde en la Catedral. Durante el itinerario procesional se realizaba el Sermón de las Siete Palabras.